女医生的秘密故事讲述了顶上战争两年后的香波迪群岛上，娜美的小迷妹展开的一场小小冒险……本作改编自航海王官方外传小说《航海王 novel 草帽故事集》，小说描述了以一般人的角度来看待草帽海贼团成员们的短篇故事。