人马配速45分钟400多年前，峰峦迭嶂、古老原始的中国西南大山里，聚居着以天山族为首的侗、苗、瑶、傣各族山民。以产灵芝仙草享誉天下的天山堡，这天欢乐非凡，人们正在为堡主之子卡洛的满月举行庆典。忽然，家人报告官兵已打进城来。原来是堡主之弟洪虎勾结官府来篡位夺权。为使天山堡后继有人，堡主忍痛将少堡主卡洛和小郡主卡美拜托给老管家。老人不负所望，毅然将刚满月的孙子和少堡主调换，让儿子明伟带少堡主去日本寻找故友玄藏。自己则痛斥叛贼抱孙跳崖身亡。10年后，逃亡日本的明伟在大侠玄藏的帮助下，将少堡主培养成了武功超群的小忍者，取名影丸。为给师父治伤，需到中国天山堡去取灵芝草，影丸自告奋勇与师兄月丸、雾丸登上了回国的木船。他们风雨兼程奔向天山堡，途中解救了明珠和明德姐弟。他们成为好朋友，结伴前往天山堡。只顾赶路的5个少年被堡丁抓住，又被暗中保护他们的明伟所救。明伟万没想到这在这里碰上失散10年的新生儿女明珠和明德。悲喜交加的明伟将隐藏心中的往事告诉了影丸。月夜下，明伟来到父亲和幼子的坟前，遇上了妻子一手带大的郡主卡美。明德得知爷爷是为影丸而死，心中气愤便一人独行，不料被堡丁抓住。为救明德，影丸等皆被生擒。正当堡丁对他们百般折磨时，玄藏大侠及时赶到。原来他就是早年怒打洪虎而在老管家帮助下逃亡日本的族人。他告诉影丸，要他取灵芝草是假，替父报仇才是真。一场激战过后，洪虎等得到应有的下场。天山堡又出现了10年前的欢乐，影丸深感明德一家为天山堡作出的巨大牺牲，毅然将堡主之位让给明德，他大步向师父玄藏、月丸和雾丸离去的方向赶去。